Ο ναός φέρει το όνομα του προστάτη του χωριού, δίπλα στον Ασωπό Ποταμό. Η παράδοση θέλει τον Αγιο Θωμά να μην επιτρέπει στην πανώλη να περάσει το ποτάμι και οι κάτοικοι τον τίμησαν με το όνομα του χωριού. Ο ναός αποτελεί πύργο από την εποχή της τουρκοκρατίας. Ωστόσο από την έρευνα του πανεπιστημίου Leiden η εκκλησία χαρακτηρίζεται μεσοβυζαντινή γύρω στον 12ο αιώνα. Ο τρούλος είναι μεταγενέστερος. Ακριβώς απέναντι στο λόφο βρίσκεται η αρχαία Τανάγρα

Συμφωνα με τον Schachter McGill, το κτίσμα θεωρείται πρωτοχριστιανική βασιλική του 10ου αιώνα. Η Βυζαντινή αυτοκρατορία ανέκτησε την Βοιωτία από τους Σλάβους και έτσι άρχισε η αποίκηση των γύρω χωριών, τα οποία αναλαμβάνουν τον ρόλο της αρχαίας Τανάγρας και του καταφυγίου του Αγίου Κωνσταντίνου στο Κλειδί. Την εποχή των σταυροφορειών, η περιοχή περνά στην διοίκηση Φράγγου λόρδου, που μετατρέπει το ξωκλήσι σε φεουδαρχικό πύργο.(13ος αιώνας). Πανηγυρίζει την Κυριακή μετά το Πάσχα.

Εξωτερική άποψη της εκκλησίας. Διακρίνεται η είσοδος και αριστερά της η πλάκα με την οποία οι αρχαιολόγοι οδηγήθηκαν στον εντοπισμό της θέσης της Αρχαίας Τανάγρας.

Η επιγραφή στα αριστερά της εισόδου του ναού.

Πηγάδι έξω από τον χώρο της εκκλησίας του Αγίου Θωμά.

Εικονίσματα από την αγιογραφία αριστερού τμήματος του τέμπλου που είναι πετρόκτιστο. Αριστερά ο Αγιος Θεόδωρος ο Στρατηλάτης και δεξιά η ψηλάφηση του Θωμά.

Εικονίσματα από την δεξιά πλευρά του τέμπλου. Αριστερά ο Χριστός, στο μέσο ο Αγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος και δεξιά ο Αγιος Νικόλαος.