Ιστορία του Χωριού                                                                                                                     

 Χωρίς να είναι τεκμηριωμένο, λέγεται ότι ο πρώτος κάτοικος της περιοχής ήταν κάποιος Λιάττης μεγαλοτσιφλικάς. Η περιοχή αυτή βρίσκεται λίγο πιο πάνω από τον σημερινό οικισμό και ονομαζόταν :'παλιοκαντούντι' στα αρβανίτικα.

 Η έρευνα του 2003 από τα πανεπιστήμια του Leiden και της Ljubljana υπό την επίβλεψη του καθηγητή Dr. John Bintliff και των συνεργατών του: E. Farinetti, P. Sarri, K. Sbonias, B. Slapsak, V. Stissi, A. Vionis καταγράφει τα παρακάτω: Τον 8ο αιώνα η ανατολική ρωμαϊκή αυτοκρατορία, που διοικούνταν από την Κωνσταντινούπολη, επανέκτησε την Στερεά Ελλάδα από τους Σλάβους, συμπεριλαμβανομένης της Βοιωτίας. Συνδυάζοντας αυτή την εικόνα από βυζαντινές πηγές με τα αποτελέσματα της έρευνας γύρω από την περιοχή της Τανάγρας, παρατηρούμε σειρά από χωριά και οικισμούς με μικρή απόσταση μεταξύ τους. Αυτό φαίνεται από τα κεραμικά που συναντάμε σε διάφορα σημεία και είναι δείγματα μεσοβυζαντινής περιόδου.

 Η ακμή της περιοχής συνεχίζεται και την περίοδο των σταυροφοριών (13ος 14ος αιώνας). Η πλεονεκτική θέση της αρχαίας Τανάγρας, εξηγεί το γεγονός ότι ένα χωριό βρίσκεται μόλις ένα χιλιόμετρο από την αρχαία πόλη με την εκκλησία του, τον Αγιο Θωμά. Η εκκλησία χρονολογείται από τον 12ο αιώνα και χαρακτηρίζεται μεσοβυζαντινή, ενώ το χωριό που φαίνεται να υπήρχε αριστερά της (φαίνεται από τα διασπαρμένα κεραμικά), κατοικήθηκε από τον 11ο ως τον 14ο αιώνα. (πανεπιστήμιο Leiden- A Vionis). Όλα τα βυζαντινά χωριά εξαφανίστηκαν τον 14ο αιώνα. Αυτό έχει σχέση με την επιστροφή της βουβωνικής χολέρας και των ολέθριων πολέμων μεταξύ Φράγκων, Βυζαντινών και Τούρκων, οι οποίοι είτε αφάνισαν τους πληθυσμούς της περιοχής, είτε τους εξώθησαν σε ορεινές περιοχές, είτε τους πούλησαν ως δούλους. Οι πρώτες καταγραφές φόρων στην Βοιωτία το 1466, υπό Οθωμανική κυριαρχία, δείχνουν χαρακτηριστικά την απουσία Ελλήνων αποίκων στα πεδινά και μικρό αριθμό αυτών στα ορεινά, όπου είχαν αναζητήσει άσυλο. Η ανατολική Βοιωτία με τις μεγάλες πεδιάδες και τα πλατώματα γύρω από την Τανάγρα, αδειάζει.

 Για την αποίκηση εκ νέου της περιοχής το 1400 με 1500, οι τελευταίοι Φράγκοι δούκες των Αθηνών και κατόπιν οι Οθωμανοί άρχοντες προσκάλεσαν νέους κατοίκους κυρίως από Αλβανία με μοναδική οδηγία να ιδρύσουν νέους οικισμούς δίπλα στους εγκαταλελειμμένους. Από εκεί είναι και η προέλευση του ονόματος των νέων χωριών Τανάγρα (πρώην Μπράτσι), Κλειδί (πρώην Κλειδέτι). 100 χρόνια αργότερα υπό οθωμανικό ζυγό και ειρηνική διαβίωση, παρατηρείται αύξηση στον πληθυσμό των Ελληνικών και Αλβανικών χωριών (οικισμών) και δημιουργία νέων χωριών. Αυτό φαίνεται και στον οθωμανικό φόρο του 1570 για κάθε χωριό.

 Το νέο χωριό του Αγίου Θωμά έχει μια πιο σύνθετη ιστορία, μάλλον πιο πρόσφατη. Ιδρύθηκε μάλλον από τους χωρικούς που μετακινούνταν στα βουνά από την Αττική στην Βοιωτία στο τέλος της οθωμανικής αυτοκρατορίας και μετά τον απελευθερωτικό πόλεμο της Ελλάδας στις αρχές του 19ου αιώνα. Πριν τον σημερινό οικισμό του Αγίου Θωμά, υπήρχε προηγούμενος με το όνομα Λιάτανη ή Κελμεντί, ενώ νοτιότερα εμφανίζονται μικρότεροι οικισμοί με το όνομα Κινος ή Γκινοσάτι που είναι γεωργική γη. Υπάρχουν και σήμερα περιοχές με το όνομα Γκίνοσι. Η συλλογή πετρωμάτων και κεραμικών από τα κοινοτικά κτίρια του οικισμού αυτού έδειξε χρονολογίες δράσης από τον 15ο έως τον 18ο αιώνα. Ο παρακάτω χάρτης δείχνει την Βοιωτία το 1570.